Con el objetivo de establecer un representativo e interconectado sistema regional de áreas marinas protegidas, capaz de mantener las funciones ecológicas vitales y restaurar las poblaciones de especies amenazadas, WWF Centroamérica trabaja con socios locales, gobiernos e institutos de investigación para obtener la información necesaria para conformar una red de áreas protegidas marinas (MPAs, por sus siglas en inglés).
Las áreas marinas protegidas representen los ecosistemas presentes en la Ecorregión del Arrecife Mesoamericano, sus especies y características únicas. Además de la declaratoria de áreas protegidas, WWF apoya y brinda asesoría técnica y financiamiento para el manejo de las MPAs existentes, como es el caso de Xcalak, en México; Gladden Spit y Hol Chan, en Belice; y Cayos Cochinos y Cuero y Salado, en Honduras. En esta última WWF participó, además, en su proceso de designación como área marina protegida.Las áreas definidas como de más alta prioridad en biodiversidad dentro del Arrecife Mesoamericano son las siguientes:
- Noreste de la Península de Yucatán
- Costa central de Yucatán (Sian Ka’an)
- Banco Chinchorro
- Costa Sur de Yucatán (De Xcalak hasta San Pedro)
- Atolón Lighthouse
- Islas Turneffe
- Atolón Glovers
- Gladden Spit
- Islas de la Bahía
- Costa sur de Cozumel
- Costa central de Yucatán (Mahahual)
- Bahías de Chetumal y Corozal
- Complejo de Belice City
- Cayos Sapodilla
- Puerto Honduras
- Golfo de Honduras (Ríos Temas y Dulce)
- Río Lagartos
- Corredor Cancún
- Corredor Tulum
- Barrera Arrecifal Central
- Tela-Costa de Manabique
- Río Plátano