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La Iniciativa de Manejo de los Recursos en el Golfo de Fonseca realizó estudios en la evolución de las corrientes marinas, así como las características químicas y físicas del agua.
La seguridad portuaria, calidad del agua y áreas protegidas, principalmente, se beneficiaron con la Iniciativa de Manejo de los Recursos del Golfo de Fonseca. Dicha iniciativa se ejecutó entre junio del 2000 y fines del 2001, y fue administrada de manera conjunta por WWF Centroamérica, The Nature Conservancy (TNC) y el Centro de Estudios Costeros de la Universidad de Rhode Island. Los hábitat costeros del Golfo de Fonseca, en el Pacífico de Nicaragua, Honduras y El Salvador, son ricos en biodiversidad y cruciales para el desarrollo económico de la región.
La Iniciativa de Manejo de los Recursos del Golfo de Fonseca buscó fortalecer la capacidad de controlar la polución y el derrame de contaminantes en los puertos, mediante la capacitación a los decisores en cuanto a estrategias de prevención y medidas de mitigación.La Iniciativa realizó estudios en las áreas más contaminadas, de manera que los expertos pudieran proponer formas de contrarrestar el problema. También se dieron progresos en cuanto a la evolución de las corrientes marinas, así como las características químicas y físicas del agua para determinar la distribución y concentración de contaminantes producidos tierra adentro.
Esta área es la más significativa y compleja de la costa pacífica centroamericana debido no solo a su alta productividad y biodiversidad, sino también a las complejas relaciones socioeconómicas y políticas entre los tres países.