WWF ha organizado a nivel global el Diálogo de la Acuicultura del Camarón, y realizó en el 2008 una reunión con los productores de Centroamérica y México, donde participaron, productores, compradores, fabricantes de alimentos para granjas camaronerasy ambientalistas. El objetivo fue crear criterios, indicadores y estándares globales y estándares específicos para el camarón (Penaeus vannamei) en Centro América y México. Los productores de camarón de la región aceptaron adoptar estos criterios técnicos y estándares para la producción sostenible del camarón, con miras a obtener la certificación de sus granjas y reducir al mismo tiempo el impacto de la actividad sobre las aguas del Arrecife.
A mediano plazo, el Programa de Agricultura del Arrecife Mesoamericano busca implementar mejores prácticas agrícolas en la actividad agrícola y agroindustrial, que logren incrementar la productividad y reducir el impacto ambiental.
A los agricultores se les da capacitación en el uso de controles biológicos de plagas, como el uso del hongo (Metarhizium anisopliae) contra la plaga conocida como la mosca pinta. El hongo ataca la mosca, pero no es tóxico para los humanos, animales ni el ambiente. De esta forma se elimina el uso de plaguicidas tóxicos que envenenan los suelos y el agua.
También se promueve el uso de plantas leguminosas para la cobertura de suelos, que consiste en sembrar plantas rastreras que cubren los suelos de las plantaciones, mitigando el impacto de la lluvia, “amarrando” los suelos al evitar ser arrastrados por las corrientes, lo que ayuda a conservar los nutrientes de las capas superficiales. Se evita así que los sedimentos lleguen hasta las aguas del arrecife y ayuda a lograr mejores cosechas, porque estas plantas fijan el nitrógeno naturalmente en el suelo, reduciendo la necesidad de usar fertilizantes químicos.
Otro aspecto muy importante del Programa de Agricultura de WWF es la reducción del uso del agua en las plantaciones para conservar este recurso cada vez más escaso. Con este fin se han instalado estaciones meteorológicas muy completas y sofisticadas, en Belice y Honduras, con un costo de $6.000 cada una, que trabajan las 24 horas entregando datos sobre el viento y la humedad, entre otros, indicando en tiempo real cuándo es conveniente regar los cultivos y cuando no es necesario, reduciendo significativamente el uso del agua.